В 1519 году Кортес поручил Франсиско переправить первую партию сокровищ ацтеков на Пиренейский полуостров. В 1526 году по указу короля Монтехо был назначен капитан-губернатором Юкатана. Завоевание полуострова началось в 1528 году, однако, из-за ожесточенного сопротивления со стороны индейцев майя продвижение испанцев вглубь Юкатана было затруднено. В ответ Франсиско де Монтехо применил жесточайшие меры; истреблялись целые индейские деревни, женщины и дети отдавались на растерзание собакам. Варварская политика конкистадора не помогла его отряду закрепиться на восточном побережье Юкатана. Однако уже в 1535 году полуостров был завоеван испанскими войсками.

 В 1533 году Франсиско был назначен на должность губернатора Гондураса. Вскоре за эту провинцию между Монтехо и другим конкистадором Альварадо началась нешуточная борьба. В конце концов, Франсиско одержал верх в этом противостоянии. В 1546 году он вновь занял пост генерал-капитана Юкатана, но из-за серьезных противоречий с местным духовенством был вынужден через некоторое время покинуть занимаемую должность.

В 1550 году Франсиско де Монтехо был отозван в Испанию, где через несколько лет скончался от продолжительной и мучительной болезни.

 Современник о жестокостях Монтехо

Индейцы тяжело переносили ярмо рабства. Но испанцы держали разделенными их поселения, находившиеся в стране. Однако не было недостатка в индейцах, восстававших против них, на что они отвечали очень жестокими карами, которые вызвали уменьшение населения. Они сожгли живыми несколько знатных лиц в провинции Купуль, других повесили. Были получены сведения о [волнении] жителей Йобаина, селения Челей. Испанцы схватили знатных лиц, заперли в одном доме в оковах и подожгли дом. Их сожгли живыми, с наибольшей в мире бесчеловечностью. И говорит это Диэго де Ланда, что он видел большое дерево около селения, на ветвях которого капитан повесил многих индейских женщин, а на их ногах [повесил] их собственных детей. В том же селении и в другом, которое называют Верей (Verey), в двух лигах оттуда, они повесили двух индианок, одну девушку и другую, недавно вышедшую замуж, не за какую-либо вину, но потому, что они были очень красивыми, и опасались волнений из-за них в испанском лагере, и чтобы индейцы думали, что испанцам безразличны женщины. Об этих двух [женщинах] сохранилась живая память среди индейцев и испанцев, по причине их большой красоты и жестокости, с которой их убили.

 Индейцы провинций Кочвах (Cochua) и Чектемаль (Chectemal) возмутились, и испанцы их усмирили таким образом, что две провинции, бывшие наиболее населенными и наполненными людьми, остались наиболее жалкими во всей стране. Там совершали неслыханные жестокости, отрубая носы, кисти, руки и ноги, груди у женщин, бросая их в глубокие лагуны с тыквами, привязанными к ногам, нанося удары шпагой детям, которые не шли так же [быстро], как их матери. Если те, которых вели на шейной цепи, ослабевали и не шли, как другие, им отрубали голову посреди других, чтобы не задерживаться, развязывая их. Они вели большое количество пленных мужчин и женщин для обслуживания, обращаясь с ними подобным образом.

Утверждают, что дон Франсиско де Монтехо не совершал ни одной из этих жестокостей и не присутствовал при них. Напротив, он их считал очень дурными, хотя не мог больше [ничего сделать].